논저

1976 독립협회연구, 일조각
1979 조선토지조사사업연구, 지식산업사
1980 한국근대사와 사회변동, 문학과지성사
1982 朴殷植의 사회사상연구, 서울대출판부
1984 신채호의 사회사상연구, 한길사
1985 한국민족독립운동사연구, 을유문화사
1987 한국근대사회사상사연구, 일지사
1987 한국근대사회사연구, 일지사
1988 한국근대민족운동사연구, 일조각
1990 한국현대사와 민족문제, 문학과지성사
1993 동학과 갑오농민전쟁연구, 일조각
1994 한국 근대의 선구자와 민족운동, 집문당
1995 21세기 한국과 최선진국 발전전략, 지식산업사
1995 한국근대사회의 구조와 변동, 지식산업사
1994 세계체제 변동과 현대한국, 집문당
1996 독도, 보배로운 한국 영토, 지식산업사
1996 독도의 민족영토사 연구 지식산업사 조선후기의 실학파의 사회사상연구, 지식산업사
1998 일제 식민지근대화론 비판, 문학과 지성사
1999~2001 독도영유권 자료의 탐구 I~Ⅳ, 독도연구보전 협회
2000 초기개화사상과 갑신정변연구, 지식산업사
2000 한국 근대사회변동사강의, 지식산업사
2000 Modern Korean History and Nationalism, Jimoondang Publishing Company
2001 한국 근대의 민족운동과 사회운동, 문학과지성사
2001 갑오개혁과 독립협회운동의 사회사, 서울대학교출판부
2001 3·1운동과 독립운동의 사회사, 서울대학교출판부
2001 한국민족의 형성과 민족사회학, 지식산업사
2001 독도영유권에 대한 일본주장 비판, 서울대학교출판부
2001 일제강점기 한국민족사(상), 서울대학교출판부
2002 일제강점기 한국민족사(중), 서울대학교출판부
2003 한국과 일본의 독도영유권 논쟁, 한양대학교출판부
2003 의병과 독립군의 무장독립운동, 지식산업사
2003 Essays in Korean Social History, Jisik-sanup
2003 백범 김구의 사상과 독립운동, 서울대학교출판부
2004 한말 애국계몽운동의 사회사, 나남출판
2004 21세기 한국사회와 공동체문화, 지식산업사
2004 한국근대지성사 연구, 서울대학교출판부
2005 동학농민혁명운동의 사회사, 지식산업사
2005 한국 원민족 형성과 역사적 전통, 나남출판
2005 신용하 교수의 독도이야기, 살림출판사
2006 한국 항일독립운동사연구, 경인문화사
2006 일제 식민지정책과 식민지근대화론 비판, 문학과지성사
2006 한국의 독도영유권 연구, 경인문화사
2006 신판 독립협회 연구(상, 하), 일조각
2007 신간회의 민족운동, 한국독립운동사연구소
2008 한국근현대사회와 국제환경, 나남출판
2010 고조선 국가형성의 사회사, 지식산업사
2010 한국개화사상과 개화운동의 지성사
2011 개정증보, 독도영유권에 대한 일본주장 비판, 서울대학교 출판부
2012 독도영유의 진실이해: 16포인트와 150문답, 서울대학교 출판문화원
2012 사회학의 성립과 역사사회학: 오귀스트 꽁트의 사회학 창설, 지식산업사

번역

1976 月峰 저작상
1982 3·1 문화상
1987 국민훈장동백장
1994 서울시문화상
1995 국민훈장모란장
1997 한국출판문화상 저작상
1998 학술원상 대한민국학술원 인문사회과학
1999 운경상 사회문화
2000 만해상 만해사상실천선양회 학술
2002 4·19 문화상
2006 보훈문화상(학술부문)
2007 독립기념과 학술상